В статье рассмотрены отдельные проблемы управления рисками инновационных проектов промышленной компании. Приводится типология основных факторов риска инновационных проектов и источников изменения экономических результатов. В статье показано, каким образом на основе выявленных типологических особенностей факторов риска и экономических результатов инновационных проектов возможно решение проблемы оценки риска инновационных проектов. Приводится методика и пример оценки риска этапа инновационного проекта фармацевтического предприятия. Предлагаемая типология может быть использована как в ходе оценки рисков проектов, так и в ходе оценивания ожидаемого экономического эффекта и составления программы управления рисками.